Село Нижний Яр расположено на левом крутом берегу Исети, представляющего собой обрыв или по местному «Яр», отчего и произошло название села. Ещё прибавили «Нижний», чтобы было отличие от села с таким же названием, но расположенного выше. Это Верхний Яр.
Время основания села Нижний Яр не известно, но сохранилось предание, что оно древнее Шадринска, который был основан в 1662 году. Но датой основания села считают 1662 год. Основателями и переселенцами были выходцы из внутренних губерний России.
Храм села Нижний Яр каменный, двухпрестольный был заложен в 1861 году и воздвигнут на средства прихожан и доброхотные даяния посторонних лиц. Главный летний храм освящен в честь Рождества Пресвятой Богородицы в 1870 году, а придельный теплый во имя Святых Жен Мироносиц в 1874 году. В храме была особо чтимая икона Божией Матери, именуемая, Неопалимая Купина. Прихожане приобрели ее в следствии частых пожаров, истреблявших сотни домов и угрожавших храму. Так они искали защиты от страшных бедствий у Небесной Царицы. Из – за того, что после пожаров село вновь возрождалось, один из краев называется Новая деревня.